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| 1 | 青海湖裸鲤FXYD基因家族鉴定、分子进化及表达显示文摘青海湖裸鲤是唯一一种适应青海湖高盐碱水环境的鲤科鱼类。苯丙氨酸-X-酪氨酸-天冬氨酸(FXYD)家族是一类小分子单跨膜蛋白,具有调节离子通道作用,在多种生物的盐度胁迫和盐度适应中发挥重要作用。笔者基于青海湖裸鲤全基因组数据,利用生物信息学方法,鉴定到16个青海湖裸鲤FXYD(gpFXYD)基因,通过多重序列比对和系统进化分析,16个gpFXYD基因成员分属于5个亚型。共线性分析表明,青海湖裸鲤FXYD基因家族中12个成员起源于全基因组复制,且与斑马鱼FXYD基因存在共线性,推测全基因组复制导致了青海湖裸鲤FXYD基因的加倍。分子进化分析显示,gpFXYD1b/1c和gpFXYD5c/5d基因的进化选择压力(Ka/Ks)>1,表明其在进化过程中受到了正选择,可能发生了适应性进化。不同亚家族在青海湖裸鲤多种组织表达中,gpFXYD1s基因在青海湖裸鲤的心脏和脑组织特异性表达,而gpFXYD7s基因在青海湖裸鲤的脑组织中特异表达,分析gpFXYD基因不同亚型可能在不同组织中发挥功能。组织表达中,gpFXYD5s、gpFXYD6s、gpFXYD11s基因在青海湖裸鲤肾脏和鳃组织中出现显著表达变化,表明gpFXYD5s、gpFXYD6s以及gpFXYD11s可能与青海湖裸鲤在高盐度条件下的离子运输和渗透压调节密切相关。试验结果可为解析青海湖裸鲤盐度适应奠定基础,同时也可为水产动物耐盐分子育种提供参考和借鉴。 | 周秉正 陈生学 刘思嘉 祁得林 祁洪芳 汪洋 赵凯 田菲 | 2023 | 水产科学2023，42，5： | 0 |
| 2 | 全基因组水平上基因家族分布及进化分析方法研究显示文摘随着众多植物基因组测序计划的相继完成,在全基因组水平上更加高效地解析基因家族进化机制迫在眉睫,本研究提供了1种适用于植物基因组水平检测基因家族分布及进化的计算机分析方法。本研究依据物种染色体长度、基因物理位置、候选基因Ks值等数据,结合三阶贝塞尔曲线算法,利用Python语言绘制基因染色体定位图,揭示基因间相似性及进化机制。为验证方法的实用性,本研究以亚洲棉DELLA基因家族为例进行了进化分析。结果显示在亚洲棉进化过程中GA05、GA02和GA13有明显的同源Cluster被鉴定;GA05染色体上的基因簇更活跃、变化更快;GA03基因簇发生了独立进化;GA02、GA13基因出现较晚,可能来源于GA05。本方法是1种实用的基因家族分析工具,适用于全基因组水平基因家族分布及进化分析。 | 刘宪 于继高 肖志刚 黄晟 | 2019 | 河北农业大学学报2019，42，6： | 0 |
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