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| 1 | 转录组的测序方法及应用研究概述显示文摘转录组研究是基因的结构和功能研究的基础,转录组测序技术在近年来取得了很大的进展,被应用到多种动植物中。利用其能够获得大量未知序列的优势,已经被广泛应用到未知基因挖掘、分子调控及相关代谢途径中。该研究主要介绍了转录组研究的方法、转录组测序技术的发展及其在动植物中的重要应用,并讨论其存在的问题及发展趋势。 | 姚娜 刘秀明 董园园 王南 孟璐璐 李海燕 | 2017 | 北方园艺2017，，12： | 20 |
| 2 | RNA-Seq与道地药材研究显示文摘RNA-Seq是一种新崛起的转录组学研究方法,利用新一代测序技术能够更为准确、快速地为人们提供更多的生物体转录信息,已广泛应用于多种生物领域。道地药材以质优、疗效好的优势历来被各医家所推崇,其道地性形成的根本是其基因型在特定时空表达的产物。因此通过转录组测序来解析其生物合成机制,已成为当前药用植物次生代谢研究的热点。本文主要介绍了RNA-Seq技术及其优势,并就其在道地药材形成机制研究方面的应用进行了讨论,为今后该技术的研究与应用提供参考。 | 王晓玥 宋经元 谢彩香 韩建萍 陈士林 | 2014 | 药学学报2014，49，12： | 17 |
| 3 | 转录组学及其在蔬菜学上应用研究进展显示文摘介绍了转录组学的主要技术方法及其原理,并对转录组学在蔬菜及其他植物上的应用做了分析。认为研究转录组学可克服蔬菜基因组数据匮乏的障碍,弄清楚蔬菜特定基因的结构及其在抗逆、抗病等过程中的作用。研究表明,当前转录组学方法主要基于杂交技术或者测序技术,代表性方法有基因芯片、SAGE(serial analysis of gene expression)、MPSS(massively parallel signature sequencing)、RNA-Seq(RNA-sequencing)等;转录组学可用于了解蔬菜抗逆、抗病分子机制,证明特定基因表达情况,但是如何快速测序以及科学分析成为制约其发展的瓶颈因素。因此,研究得出转录组学在论证分子机制时需要谨慎,更需要借助蛋白组学、生物信息学等方法综合验证;但是,以转录组学为代表的前沿生物学理论应更多地应用于蔬菜学这门古老学科。 | 廉洁 张喜春 谷建田 | 2015 | 中国农学通报2015，31，8： | 14 |
| 4 | 转录组学测序技术应用与市场分析显示文摘转录组学是功能基因组学研究的重要组成部分,是一门在整体水平研究基因功能以及基因结构,揭示基因转录、转录调控规律以及疾病发生过程中的分子机理的学科。随着分子生物学技术、高通量技术的高速发展,转录组学测序技术已逐渐成为转录组学研究中不可或缺的研究手段。从应用和市场两个角度,对转录组学的现状和未来趋势进行调研,为我国转录组学测序技术产业的发展及相关政策的制定提供参考。 | 王跃 毛开云 王恒哲 马征远 | 2017 | 生物产业技术2017，，5： | 13 |
| 5 | 转录组与蛋白质组整合分析在生物学研究中的应用显示文摘在一个有机生物体中,基因表达的主要环节包括转录和蛋白质合成,mRNA是基因表达的中间体,蛋白质是基因功能的执行体。要了解具体的基因表达调控过程,需要对mRNA和蛋白进行同步监测,通过比较蛋白质组学和转录组学的数据,在转录水平和蛋白水平上整合分析,将两者联系起来。理论上讲,从生长条件和状态相同的细胞、组织或器官获得的转录组与蛋白质组数据之间应该具有较高的相关性,然而大量文献报道了转录组和蛋白质组的表达趋势不相关甚至负相关的情况。综述了转录组和蛋白组测序技术的原理、特点,转录组和蛋白组整合分析的优势,以及其在动物、植物和微生物研究中的应用,同时分析造成基因转录水平和蛋白水平表达趋势不一致的原因,为分子生物学和多组学研究提供一定的参考。 | 蒋可人 马峥 郑航 刘小军 | 2018 | 生物技术通报2018，34，12： | 10 |
| 6 | 基于RNA-seq的能源植物芒转录组分析显示文摘芒(Miscanthus sinensis Anderss)是多年生C4草本植物,可为能量和纤维素产品生产提供高品质的木质纤维素材料,是一种理想的能源植物。采用Illumina Hi Seq?2000高通量测序技术,对芒花芽和叶芽进行转录组分析。经拼接组装共获得98 326个Unigene,序列平均长度822 bp,N50为1 337 bp。将Unigene序列与NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、GO和COG数据库进行比对(Evalue<1e-5),共有74 134条Unigene获得了基因注释,占总Unigene的75.40%。其中,通过GO功能分类,45 507个Unigene映射到GO不同的功能节点上;通过KEGG pathways分析,共有36 710个Unigene参与了128个代谢通路;比对到同源序列比例最高的物种分别为高粱(37 731,60.86%)、玉米(16 258,26.22%)、水稻(3 065,4.94%),共占所有同源序列的92.02%。此外,获得了芒C4关键酶相关基因24个。这些注释信息的完成为芒功能基因及相关候选基因的发掘提供了重要依据。 | 张贤 王建红 喻曼 曹凯 庄俐 徐昌旭 曹卫东 | 2015 | 生物工程学报2015，31，10： | 10 |
| 7 | 水产动物对氨氮胁迫响应的转录组分析研究进展显示文摘氨氮胁迫是影响水产养殖和生态环境的重要非生物胁迫之一;而转录组学是一个新兴的研究细胞表型和功能的重要手段,在研究基因结构、表达和功能上开拓了一个新型的研究方向。简述了水产养殖中氨氮的危害以及氨氮胁迫而引起的生理和生化反应,同时介绍了常见的转录组学平台技术及其在一些胁迫反应代谢调控机制及分子机制研究中的应用,认为水产动物氨氮胁迫的转录组分析将为水产动物的毒理学效应提供重要的理论依据和线索,也将在水产动物分子育种中发挥重要作用。 | 章琼 蒋高中 李冰 | 2015 | 江苏农业科学2015，43，3： | 10 |
| 8 | 典型油田区油污土壤微生物群落区域性分布研究显示文摘石油污染改变土壤微生态环境,驱动了土壤微生物群落结构的演替与进化.为了深入探究油田区油污土壤中微生物群落分布特征,揭示区域性的土壤微生物群落结构成因,采用Miseq平台的16S rDNA扩增子测序技术分析了辽河油田和大庆油田区6组共计18个土壤样品的微生物群落多样性及结构组成,并结合土壤环境因子指标剖析了群落结构成因,进而预测了具有石油代谢能力的功能菌属.结果表明,石油含量随着距井口距离增加而减少,石油的空间分布特征是影响微生物群落结构变化的关键因子,6组土壤样品的OTU分属于49门、131纲、169目、328科和564属,微生物种群多样性随着污油浓度的增加而减小;两油田共有5个相同优势菌门,2种优势菌属;辽河油田区独特优势菌门为Saccharibacteria门,优势菌属为微枝形杆菌属(Microvirga)、分支杆菌属(Mycobacterium)和Defluviicoccus属;大庆油田独特优势菌门为拟杆菌门(Bacteroidetes),独特优势菌属包括盐单胞菌属(Halomonas)、食烷菌属(Alcanivorax)和海杆菌属(Marinobacter)等.冗余分析(RDA)结果表明污油组成是微生物群落差异性分布的决定性因素,胶质的高含量与强毒性诱导辽河油田区微生物群落获得较强的胁迫抗性;同时区域生态环境背景差异也是影响微生物群落整体胁迫抗性的重要因子.结合PICRUSt分析预测,共发现2种辽河油田区和5种大庆油田区石油功能降解优势菌属,为石油降解功能菌剂的种质资源的高效开发提供目标菌株. | 荆佳维 王卅 郭书海 | 2021 | 环境科学学报2021，41，11： | 9 |
| 9 | 基于高通量测序的麦红吸浆虫转录组分析显示文摘麦红吸浆虫Sitodiplosis mosellana(Gehin)是一种世界性的小麦害虫。为获得其转录组信息,本研究采用新一代高通量测序技术Illumina HiSeq TM 2000对麦红吸浆虫成虫转录组进行测序。共获得转录组样本数据量为27.88 G,经分析共获得59257个Unigenes,总长度49861164 bp,最短20 bp,最长29282 bp,平均长度841 bp。将Unigenes序列与NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、GO和KOG数据库进行比对(e≤10-10),共获得95029个结果。通过GO功能分类,共有19584个Unigenes在GO数据库中细胞组分、分子功能和生物学过程等3大类50个功能组中找到对应。与KOG数据库进行比对,共有11279个麦红吸浆虫Unigenes被注释,按功能大致可分为26类。通过KEGG pathways分析,共有9110个麦红吸浆虫Unigenes被注释,分别归属于细胞进程、环境信息进程、遗传信息进程、新陈代谢和有机体系统5大类代谢途径,主要包括细胞生长与死亡、细胞运动、信号转导、能量代谢等32类代谢途径。CDS预测发现30088条序列可被编码,占全部基因的50.78%。SSR位点查找发现,在59257个Unigenes中共找到36323个SSR位点,发生率为61.30%。本研究获得的巨大的麦红吸浆虫转录组信息,为麦红吸浆虫的功能基因挖掘提供了重要的信息资源。 | 蒋月丽 李彤 武予清 苗进 巩中军 段云 刘启航 | 2020 | 环境昆虫学报2020，42，1： | 9 |
| 10 | 番鸭下丘脑组织的RNA-Seq特征分析显示文摘为筛选番鸭下丘脑组织中的基因组信息,本研究以NCBI数据库中已标注的绿头鸭基因组(登录号:BGI_duck_1.0)为参照,利用RNA-Seq技术对番鸭下丘脑组织基因表达水平,以及可变剪切事件、SNPs及InDel进行筛选。结果显示,共鉴定出14 619个基因表达(FPKM≥1),占筛选出总基因数的72.7%。共有5 034个基因发生了7 528次可变剪切,其中外显子跳跃占92.76%,第一个外显子可变剪切和内含子滞留所占比例最小,共占总数的0.027%。通过RNA-Seq技术,本研究还筛选到646 423个SNP位点和77 712个InDel位点。对SNPs和InDel所在的基因进行功能注释发现,这些基因主要参与分子功能、生物过程和细胞组成过程。通过KEGG通路分析发现,出现SNPs和InDel所在基因主要富集在内分泌调节和神经行为调节的相关通路上,表明下丘脑既可参与内分泌调节,又参与动物的神经行为调节。本研究筛选出的数据不仅丰富了番鸭的遗传信息,而且也建立了番鸭相关基因的SNPs和InDel的数据库,这为番鸭的遗传育种工作及相关功能基因的具体定位提供了可靠依据,同时也为以后番鸭行为的研究提供了一定的参考价值。 | 王旭平 杨胜林 柳诚刚 陆曼 杨汝才 谭斌 周美迪 王达娜 李潇蒙 | 2018 | 中国畜牧兽医2018，45，3： | 8 |
| 11 | 基于转录组的曼氏无针乌贼SSR与SNP位点信息分析显示文摘利用IlluminaHiseq平台对曼氏无针乌贼进行了转录组测序,采用生物信息学方法分析了转录组序列中的SSR、SNP位点信息并设计了SSR引物。利用MISA工具筛选了转录组测序获得的127 575条Unigene序列,共得到分布于50 626条序列中的SSR位点108 685个,SSR发生率39.68%,出现频率为85.19%。平均每949 bp含有1个SSR位点。在50 626条含有SSR位点的Unigene序列中,有25 548条Unigene包含SSR位点数目在2个及以上。其中单碱基重复是EST微卫星序列的主要形式(42.84%),其次是二碱基重复(28.73%),三碱基重复(14.93%)和四碱基重复(12.79%)。在所有微卫星序列所包含的重复单元中,优势重复基元类型为A/T(占总SSRs的42.23%),其次为AT/AT (13.33%),AC/GT (9.32%),AAAG/CTTT (10.00%)。运用Primer premier 5软件共设计了46 520对SSR引物。在12 323条Unigene中发掘出SNP位点64 732个,每条Unigene平均含5.25个SNP位点。其中转换(Transition) 45 975个(71.02%),颠换(Transversion) 18 757个(28.98%)。本研究通过第二代高通量测序技术,结合生物信息学方法对曼氏无针乌贼进行了SSR位点与SNP位点的开发,为其遗传多样性分析、分子辅助育种和增殖放流效果评估等提供了有力研究工具。 | 孙扬 郭宝英 祁鹏志 陈宇 唐祖蓉 刘硕博 | 2019 | 浙江海洋大学学报(自然科学版)2019，38，2： | 8 |
| 12 | 发菜RNA-seq转录组分析及耐旱相关基因筛选显示文摘发菜是一种陆生耐旱固氮蓝藻,具有重要的生态和资源价值,但目前发菜的基因组和转录组信息还比较缺乏。本研究采用Illumina Hi Seq TM 2500高通量测序平台对充分吸水和失水后的发菜藻体进行转录组分析,经过拼接组装共获得30 013 560条clean reads,3 100个Unigene,序列平均长度854 nt。将Unigene序列与NR、NT、Swiss-Port、PFAM、GO、COG、KEGG(E-value<1.0E^(-5))等数据库进行比对,共有2 874个Unigene获得了注释。通过GO功能分类,917个Unigene映射到GO不同功能节点上;通过Unigene与COG数据库的比对,可将有COG功能的514个Unigene分为20类;通过KEGG pathway分析,有1 220个编码基因参与了135条已知的代谢通路。提示谷胱甘肽、类胡萝卜素、淀粉和蔗糖、ABC转运体等代谢途径的部分基因在失水藻体上调表达,说明这些通路与发菜耐旱性关系密切。因此这些注释信息为今后发菜耐旱基因的挖掘提供了重要依据,同时也为发菜分子生物学的进一步研究提供了试验基础。 | 梁文裕 杨佳 王玲霞 王淑萍 刘阳 吴诗杰 | 2017 | 基因组学与应用生物学2017，36，9： | 7 |
| 13 | RNA-Seq在药用植物研究中的应用显示文摘转录组测序技术(RNA-Seq)是近10年新崛起的一种在组学水平剖析基因功能和互作关系的研究方法,广泛应用于分子生物学等前沿领域。近年来,该技术在药用植物研究中得到广泛应用,相关报道也日渐增多。对相关文献进行系统整理,归纳RNA-Seq技术在药用植物功能基因发掘、基因网络分析、遗传机制揭示、分子标记开发等领域中的应用。同时,依据RNA-Seq的技术特点和药用植物研究的发展需求,对该技术在中药材中的进一步应用进行展望,以期为RNA-Seq技术应用于中药系统基因组学的研究提供参考。 | 刘厚伯 上官艳妮 潘胤池 赵梓岐 李林 徐德林 | 2019 | 中草药2019，50，21： | 6 |
| 14 | 转录组学研究进展及应用显示文摘转录组学(Transcriptome)是一门在整体水平上研究细胞中所有基因转录及转录调控规律的学科。高通量转录组学研究技术主要包括基于杂交技术的表达谱芯片技术和基于测序技术的转录组测序技术。表达谱芯片的选择可根据点样量、探针设计策略及研究目的等进行。传统的RNA测序技术以基于Sanger测序法的基因表达序列分析SAGE(serialanalysisofgene)为代表,因为要构建SAGE文库,相对费时费力。新近发展起来的新一代RNA—Seq技术具有高通量、低成本、快速、准确的特点,完全改变了转录组学的研究模式,迅速成为研究生物转录组的先进技术。 | 田英芳 张晓政 周锦龙 | 2013 | 中学生物教学2013，，12： | 6 |
| 15 | 基因差异表达分析方法及其在作物遗传育种中的应用显示文摘植物基因的差异表达是细胞形态和功能多样性的根本原因,也是各种生理及病变过程的物质基础.分析基因差异表达是近30年来分子生物学研究的重点,研究方法也从最早的差减杂交、差异显示PCR和cDNA代表性差异分析等,不断地发展到基于测序的表达系列标签和转录组测序技术,其中高通量测序技术的应用,使得分子生物学进入后基因组时代,特别是转录组测序可高效率、大批量地获取差异表达基因.通过基因差异表达分析,可挖掘农作物的优异农艺性状、高品质、抗性以及杂种优势等相关基因,辅助常规育种,提高农作物的品质、产量、抗性等综合性状,并为探究其机理、机制奠定基础. | 苏在兴 高闰飞 李强 | 2017 | 江苏师范大学学报(自然科学版)2017，35，1： | 5 |
| 16 | 用于Illumina测序平台不同试剂盒制备RNA-seq文库的方法比较显示文摘RNA-seq是利用深度测序进行转录组分析的技术,并且在新一代测序的主流平台Illumina上运用广泛。针对Illumina平台的RNA-Seq建库,目前有多个不同类型的建库方法支持该技术,但是在操作步骤和成本上有很大差距。本研究分别试验了Tru Seq RNA文库制备、NEBNext RNA文库制备以及KAPA RNA文库制备3种方法,首次系统地对这3种建库方法得到的片段长度,浓度和建库流程进行了比较分析。研究显示,3种文库的片段长度都集中在300~1 000 bp之间,KAPA RNA文库制备得到的文库浓度最高,该制备方法只需要进行一次磁珠纯化,操作简便,成本低,所需要的起始量低,适用于进行大规模的建库实验。 | 何雨琦 李桂梅 周鑫 丁昭莉 | 2017 | 基因组学与应用生物学2017，36，11： | 5 |
| 17 | 裸子植物种子发育过程及基因调控研究进展显示文摘种子是裸子植物和被子植物所特有的繁殖器官,是植物有性繁殖的最高形式。裸子植物的种子裸露,形态较为简单,由种皮、胚和胚乳三部分组成,胚乳一般由雌配子体直接发育而来,为单倍体。其发育过程中会有AB13、FUS3等转录因子和miR 159、miR 172等miRNA参与调控,同时,DNA甲基化及RBR、ATG5等基因对裸子植物种子发育也起到重要的调控作用。本文从结构特征和分子调控等方面对裸子植物种子发育过程进行综述。 | 李卫星 崔慧 何青松 杨舜博 王莉 | 2016 | 种子2016，35，6： | 5 |
| 18 | RNA-seq在家禽中的应用研究进展显示文摘RNA测序(RNA-seq)作为新一代的测序技术,为全转录组的分析研究提供了强大的技术支持。最近几年,转录组学技术已广泛应用于生物学研究、医学研究、临床研究和药物研发等方面,RNA-Seq作为一种新的高效、快捷的转录组研究手段正在改变着人们对转录组的认识。同样,在对家禽的研究中,RNA-seq的应用也达到了前所未有的热度。文章综述了近年来家禽在生长发育、繁殖性状、家禽遗传多样性及适应性研究及家禽疾病相关基因筛选方面的转录组学研究进展,在综述已有成果的基础上,分析了转录组学技术自身存在的局限性和现阶段转录组学在家禽研究中面临的问题与挑战,并对未来家禽转录组学研究趋势进行了展望。 | 王坤 刘丽仙 谷大海 徐志强 李琦华 葛长荣 贾俊静 | 2017 | 中国家禽2017，39，15： | 5 |
| 19 | 基于转录组学技术分析细菌耐药机制的研究进展显示文摘近年来抗菌药物的广泛使用,导致细菌耐药性问题日益严重,耐药菌所致的感染给人类健康及畜禽生产带来巨大威胁,随着高通量测序技术的迅速发展,细菌转录组学的研究可帮助人们探究细菌耐药前后发生差异表达的基因以及筛选出具有调控作用的非编码RNA。本文以细菌耐药性的产生机制和调控机制为出发点,从转录组水平探讨耐药细菌中外排泵系统、二元调控系统、代谢途径相关基因的差异表达情况和非编码RNA对细菌外排泵系统、细胞膜通透性和生物被膜的调控机制,以期为细菌耐药性研究奠定基础。 | 裘鹏 郭玉茹 张泽辉 范春玲 张德显 崔璨璨 刘明春 | 2019 | 中国家禽2019，0，4： | 5 |
| 20 | 一种高效稳定的微生物总RNA提取方法显示文摘本研究通过对玻璃珠-酚仿RNA提取方法进行改进优化,实现对革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌和真菌这3类微生物RNA高效稳定的提取。结果表明,玻璃珠-酚仿提取法能有效提取的RNA最低菌体细胞量为1×107个,远低于试验所选商业化试剂盒所需细胞量。以1×107个细胞量为例,利用Beadbeater仪破碎30 s,使用直径100μm的玻璃珠破碎提取得到的细菌RNA浓度显著高于使用直径500μm的玻璃珠提取的。使用2种直径的玻璃珠所得酵母菌RNA浓度无显著性差异。在直径100μm的条件下,破碎30 s即可保证RNA的高效提取,对于长双歧杆菌、大肠杆菌和酵母菌,破碎时间长达150 s也不会引起RNA降解。本法所提RNA的A260/A280为1.96~2.10,A260/A230为2.03~2.44,浓度和纯度均优于试验所选商业化试剂盒所提的RNA。 | 吴思琪 宋静颐 秦倩 张策 金君华 谢远红 刘慧 张红星 | 2017 | 江苏农业学报2017，33，3： | 5 |
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