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| 1 | 两种拼接方法在瓯江彩鲤转录组研究中的适用性比较显示文摘以瓯江彩鲤(Cyprinus carpio var.color)为研究对象,探讨了目前两种常用的转录组拼接方法在鲤的不同品种/品系转录组研究上的适用性。结果表明,在转录组拼接和注释方面,基于序列比对优先策略(Cufflinks软件)拼接的转录组序列平均长度为1 545 bp,注释77 601个转录本;基于从头拼接策略(Trinity软件)拼接的转录组序列平均长度为979 bp,注释转录本数为69 406个。在基因结构和选择性剪切预测方面,Cufflinks软件所拼接的转录组,每个基因平均含有3个转录本数目,而对于Trinity版本转录组,每个基因平均含有4个转录本(P<0.001)。经比较发现Cufflinks版本转录组预测的基因结构较Trinity版本更加准确。因此,与从头拼接策略相比,序列比对优先策略所拼接的瓯江彩鲤转录本序列长度更长、注释的基因数目更多,且在基因结构和选择性剪切预测方面更为准确,适用于后续与功能基因表达相关的功能研究;相反,从头拼接策略拼接的转录组更易得到瓯江彩鲤的特异基因序列,对于后续需要利用瓯江彩鲤特异基因序列进行分子进化相关的研究非常重要。本文的研究结果为根据不同的实验目的合理地选用相应的转录组拼接方法提供了依据,也为其他鱼类转录组学研究提供了借鉴。 | 陈晓雯 王军 岳武成 杜金星 王成辉 | 2017 | 上海海洋大学学报2017，26，5： | 2 |
| 2 | 中国正式启动水产生物“十百千”组学育种计划显示文摘2016年6月17日,中国水产科学研究院(Chinese Academy of Fishery Sciences,CAFS)和深圳华大水产科技有限公司(Shenzhen BGI Fisheries Sci&Tech Co.Ltd.;BGI Fisheries)在中国深圳揭牌成立"水产生物基因组研究中心",正式启动中国水产生物"十百千"组学育种计划(the China Aquatic 10-100-1000 Genomics Program,以下简称"十百千"计划), | 刘英杰 徐跑 徐军民 黄玉 刘永新 方辉 胡隐昌 游欣欣 卞超 孙敏 顾若波 崔利锋 张显良 徐鹏 石琼 | 2017 | 中国科学:生命科学2017，47，2： | 0 |
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