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| 1 | 我国常态化防控阶段的新型冠状病毒肺炎本土疫情流行特点和防控经验显示文摘当前新型冠状病毒肺炎(新冠肺炎)仍在全球流行,我国疫情防控长期面临'外防输入、内防扩散'的压力。进入常态化防控阶段后,我国陆续发生多起新冠肺炎本土疫情,大部分为零星散发,少部分发生聚集或暴发。冬、春季是疫情高发季节,边境和口岸城市是高发区,重点人群主动监测是疫情早发现的有效途径。通过采取一系列综合防控措施,包括大规模核酸筛查、追踪隔离密切接触者、分类管理风险地区和人群、增加社交距离和严格出行管理等,大部分新冠肺炎本土疫情均较快得到有效控制,为我国疫情防控积累了宝贵的经验,但是一系列聚集性疫情的发生,暴露出我国当前疫情防控存在不足,本文为今后的疫情防控提出了建议。 | 周燕 肖建鹏 胡建雄 钟豪杰 张倩 谢欣珊 何冠豪 容祖华 詹建湘 马文军 | 2022 | 中华流行病学杂志2022，43，4： | 25 |
| 2 | 输入病毒导致的十起本土疫情首例病例新冠病毒基因特征分析显示文摘2020年4月中国阻断湖北省武汉市新冠肺炎疫情传播后,中国国内报道了多起由境外输入导致的本土聚集性新冠肺炎疫情。为分析引起聚集性疫情的输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的基因组特征,本研究对2020年4-11月份十起输入相关本土疫情首例病例的SARS-CoV-2全基因组基因特征进行分析,系统阐述了相关SARS-CoV-2的全基因组和氨基酸变异特征。结果显示,与武汉参考株相比,十起本土聚集性疫情首例病例的SARS-CoV-2核苷酸突变中位数为10个(8个-26个),氨基酸突变的中位数为6个(4个-16个),且刺突(spike,S)蛋白只有D614G一个氨基酸发生突变。除分支位点外,10条SARS-CoV-2全基因组序列的65个核苷酸突变位点以及35个氨基酸突变仅出现1-2次,呈现随机性。全基因组分析表明,这十起本土疫情的首例病例基因组按照中国分型法可划分为4个型,按照Pangolin分型法可划分为7个型,与我国2020年1-3月份武汉流行的毒株属于不同基因型,不是本土SARS-CoV-2的持续传播。与2020年9-12月英国和南非变异株属于不同基因型,无相关性。本文系统分析了2020年由输入病毒导致的十起本土疫情首例病例的SARS-CoV-2核苷酸与氨基酸变异特征,为我国新冠防控策略的制定以及后续新冠疫情的溯源提供了参考依据。 | 赵翔 冯晔囡 陈志肖 梦遥 吴宇超 宋洋 王佶 聂凯 张勇 王衍海 周为民 谭文杰 韩俊 王世文 许文波 陈操 王大燕 | 2021 | 病毒学报2021，37，2： | 15 |
| 3 | 新型冠状病毒变异株VOC 202012/01的全球早期传播与刺突蛋白进化特征分析显示文摘新型冠状病毒(SARS-CoV-2)自2019年底流行至今,已进化出多个不同的亚型或分支并在全球共同传播。2020年12月14日,英国报道了一种新的SARS-CoV-2 variants of concern 202012/01(VOC 202012/01)变异株,其刺突(spike,S)蛋白累积了10个氨基酸突变,传播力增强。为分析SARS-CoV-2 VOC 202012/01变异株的全球传播与进化规律,本研究对截至到2020年12月31日的GISAID数据库中符合VOC 202012/01变异株特征的全基因组序列进行了时空分布及S蛋白进化特征分析。结果表明,VOC 202012/01变异株自2020年9月20日于英国首次出现后,在英国境内迅速蔓延,毒株数量逐月增多,并逐步扩散到全球4个大洲22个国家。在2020年9~12月传播期间,VOC 202012/01变异株的S蛋白除10个特征性位点稳定突变以外,均呈随机突变,仅有2个氨基酸突变位点存在于50条以上的序列中,行成小的分支。本文初步阐明了SARS-CoV-2 VOC 202012/01变异株的在全球早期流行中的传播与S蛋白的进化特征,为我国应对VOC 202012/01变异株的监测与防控提供科学依据。 | 冯晔囡 陈志肖 梦遥 赵翔 宋洋 王佶 许文波 陈操 王世文 | 2021 | 病毒学报2021，37，2： | 12 |
| 4 | 新型冠状病毒温度稳定性研究显示文摘【目的】观察不同温度保存条件下细胞培养物中新型冠状病毒(简称“新冠病毒”)存活情况,判断温度对病毒稳定性的影响,为新冠病毒肺炎疫情趋势研判及防控提供基础数据。【方法】将病毒接种于Vero E6细胞适应培养后,收获病毒液,根据所测得病毒半数组织培养感染剂量(TCID50)将不同稀释度(10^(-1)、10^(-3)、10^(-5)、10^(-6))的病毒在不同温度下(4℃、22.5℃、37℃)保存1~7 d,并分别感染细胞,通过观察细胞病变效应(CPE)、实时荧光定量检测病毒核酸确定病毒感染性,以评价病毒在不同温度条件下的稳定性。【结果】不同浓度的新冠病毒在4℃条件下保存较为稳定,均具有感染性;22.5℃条件下,高浓度(10-1稀释度)病毒放置7 d感染性逐渐下降,其他较低浓度病毒放置1 d则完全失去感染性;37℃保存超过1 d病毒即失去感染性。【结论】在细胞培养环境中,新冠病毒在4℃条件下高度稳定,对热敏感,且与病毒浓度相关,高浓度病毒室温22.5℃条件下仍可存活7 d,37℃条件下放置1 d病毒完全失活。 | 崔晓娴 牟嘉斌 滕峥 周艳秋 房方皓 陈洪友 蒋慧 李崇山 陈敏 张曦 | 2021 | 上海预防医学2021，33，9： | 6 |
| 5 | 广西1例本地新冠肺炎病例感染的溯源调查显示文摘描述2021年1月广西1例本地新冠肺炎病例发现和感染的溯源过程,旨在为今后类似疫情溯源调查工作提供经验参考。按照《新型冠状病毒感染的肺炎病例流行病学调查方案(第七版)》对病例开展流行病学调查,收集病例的流行病学史、发病诊疗情况等,对病例、密接者标本采用荧光实时定量RT-PCR法检测新冠病毒核酸和胶体金法检测血清特异性抗体。同时对重点场所环境采样进行核酸检测,对核酸阳性标本开展全基因组测序和系统进化分析。全基因组序列比对发现本地病例A和印度尼西亚入境的无症状感染者C同属L基因型欧洲家系分支2.3,共享25个核苷酸变异位点;结合流行病学调查,推测本次疫情的感染来源与印度尼西亚入境的无症状感染者密切相关,可能的传播途径为无症状感染者污染入住隔离酒店环境,本地病例在对酒店消毒作业中因防护不规范暴露于病毒污染环境而导致感染。境外输入病例导致的本土疫情是我国新冠肺炎常态化防控的重点。 | 王晶 陈华凤 阳世雄 赵君宇 周树武 居昱 陈敏 黄君 莫建军 张超 汤洪洋 潘利花 徐红 王静 康宁 闭福银 赵翔 张睿孚 李永红 林玫 | 2022 | 病毒学报2022，38，1： | 6 |
| 6 | 2021年初石家庄市新型冠状病毒肺炎疫情流行特征显示文摘目的分析2021年河北省石家庄市新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情流行特征,为优化疫情防控策略提供科学依据。方法采用Excel、SPSS 21.0软件对河北省石家庄市此次疫情的三间分布进行描述性分析,使用R 4.0.4中rstan进行潜伏期的统计分析。结果截止至2021年2月14日,河北省累计报告本土确诊病例942例,石家庄869例(其中847例可获病例资料)。此次暴发主要以农村地区为主,以小果庄村确诊人数最多,为249例(29.4%);其次是南桥寨村,有128例(15.1%);刘家佐村85例(10.0%)。疫情集中发生在2021年1月2日至2月14日,以农民及学生为主,传播形式以聚餐聚会及家庭接触为主,表现为明显的时间、职业集中趋势。分析有具体暴露时间和发病时间的石家庄市本土确诊病例116例,其潜伏期为6(3.3,10.0)d;有具体暴露时间窗和发病时间的石家庄市本土确诊病例264例,其中位数为8.5(95%CI 1.8~18.8)d。结论此次疫情暴发以农村地区为主,与聚会、聚餐及家庭聚集有关,应做好重点地区、重点人群的自我防护隔离,避免密切接触等措施,以减少COVID-19聚集性疫情的发生;根据此次疫情潜伏期结果,建议隔离时间应该延长至3周。 | 孙佳伟 崔志峰 李凤菊 刘美洋 宫小薇 田凤军 史金英 袁雅冬 周吉坤 | 2021 | 中华结核和呼吸杂志2021，44，11： | 2 |
| 7 | Prediction of pandemic risk for animal-origin coronavirus using a deep learning method显示文摘Background:Coronaviruses can be isolated from bats,civets,pangolins,birds and other wild animals.As an animalorigin pathogen,coronavirus can cross species barrier and cause pandemic in humans.In this study,a deep learning model for early prediction of pandemic risk was proposed based on the sequences of viral genomes.Methods:A total of 3257 genomes were downloaded from the Coronavirus Genome Resource Library.We present a deep learning model of cross-species coronavirus infection that combines a bidirectional gated recurrent unit network with a one-dimensional convolution.The genome sequence of animal-origin coronavirus was directly input to extract features and predict pandemic risk.The best performances were explored with the use of pre-trained DNA vector and attention mechanism.The area under the receiver operating characteristic curve(AUROC)and the area under precision-recall curve(AUPR)were used to evaluate the predictive models.Results:The six specifc models achieved good performances for the corresponding virus groups(1 for AUROC and 1 for AUPR).The general model with pre-training vector and attention mechanism provided excellent predictions for all virus groups(1 for AUROC and 1 for AUPR)while those without pre-training vector or attention mechanism had obvi‑ously reduction of performance(about 5–25%).Re-training experiments showed that the general model has good capabilities of transfer learning(average for six groups:0.968 for AUROC and 0.942 for AUPR)and should give reason‑able prediction for potential pathogen of next pandemic.The artifcial negative data with the replacement of the coding region of the spike protein were also predicted correctly(100%accuracy).With the application of the Python programming language,an easy-to-use tool was created to implements our predictor.Conclusions:Robust deep learning model with pre-training vector and attention mechanism mastered the features from the whole genomes of animal-origin coronaviruses and could predict the risk of cross-species infection for early warning of next pandemic. | Zheng Kou Yi‑Fan Huang Ao Shen Saeed Kosari Xiang‑Rong Liu Xiao‑Li Qiang | 2021 | Infectious Diseases of Poverty2021，10，5： | 0 |
| 8 | 国际机场外航货机服务人员1起新型冠状病毒肺炎病例的分析及处置显示文摘【目的】对上海市国际机场1例外航货机服务人员新型冠状病毒肺炎(COVID-19)确诊病例开展现场流行病学调查、处置、溯源和分析,旨在为COVID-19常态化防控下外防输入提供借鉴和依据。【方法】对病例的基本情况、发病与诊疗、临床表现、发病前14 d内暴露史和危险因素、密切接触者(简称“密接”)、密切接触者的密切接触者(简称“次密”)、活动轨迹相关重点场所等开展现场流行病学调查。采集病例和接触人员的呼吸道标本进行实时逆转录聚合酶链反应(rRT-PCR)新型冠状病毒(简称“新冠病毒”)核酸检测。开展感染来源分析、接触人员管理等疫情处置。【结果】病例于2021年7月28日出现咽痒,7月30日发热,7月31日先后2次至医院就诊,8月1日新冠病毒核酸检测结果阳性,确诊为COVID-19病例,于8月2日隔离治疗。病例为国际机场外航货运服务人员,7月21日、28日2次风险职业人群定期核酸筛查均为阴性,发病前14 d内未离沪,7月22—23日工作期间反复暴露于可能被新冠病毒污染的高风险环境以及接触外航机组人员,且存在个人防护不规范的情况。排查在沪密接67人、次密567人,14 d集中隔离医学观察期间均未出现症状,检测均为新冠病毒阴性。基因测序分析结果显示:病例感染的新冠病毒与近期本土疫情、我国近期输入病例之间的基因组同源性较低,与境外Delta变异株同源性高于国内Delta变异株。【结论】上海外防输入形势依然严峻,应继续开展风险职业人群的定期核酸筛查,加强医疗机构的诊断和报告意识,切实落实对国际机场人、物、环境的防控措施,进一步提升公众的个人防护意识。 | 宫霄欢 姜晨彦 邱琪 刘博 楚瑞林 张耀光 俞晓 崔鹏 方绮雯 吴寰宇 郝莉鹏 潘浩 | 2022 | 上海预防医学2022，34，4： | 0 |
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