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| 1 | Plant-derived phosphocholine facilitates cellular uptake of anti-pulmonary fibrotic HJT-sRNA-m7显示文摘Pulmonary fibrosis, a progressive chronic disease with a high mortality rate, has limited treatment options. Currently, lung transplantation remains the only effective treatment. Here we report that a small RNA, HJT-sRNA-m7, from a Chinese herbal medicine Hong Jing Tian(HJT, RHODIOHAE CRENULATAE RADIX ET RHIZOMA, Rhodiola crenulata) can effectively reduce the expressions of fibrotic hallmark genes and proteins both in alveolar in vitro and in mouse lung tissues in vivo. We also discovered over one hundred oil-soluble chemicals from HJT decoctions, most of which are found in lipid extracts from other Chinese herbals decoctions, including Pu Gong Ying(PGY, TARAXACI HERBA, Taraxacum mongolicum), Chuan Xin Lian(CXL, changed to 'ANDROGRAPHIS HERBA, Andrographis paniculata'), and Jin Yin Hua(JYH, lonicera japonica or Honeysuckle). We identified the active component in these decoctions as two forms of phosphocholines, PC(18:0/18:2) and PC(16:0/18:2). These PCs potentially could form liposomes with small RNAs to enter human alveolar and gastric cells. Our experimental results suggest an unprecendent lipid complex route through which botanic small RNA can enter human bodies.Our results provide an innovative treatment strategy for oral delivery of siRNAs as therapeutic medication. | Jianchao Du Zhu Liang Jiantao Xu Yan Zhao Xiaoyun Li Yanli Zhang DANDan Zhao Ruxuan Chen Yang Liu Trupti Joshi Jiahui Chang Zhiqing Wang Yanxu Zhang Jindong Zhu Qiang Liu Dong Xu Chengyu Jiang | 2019 | Science China(Life Sciences)2019，62，3： | 21 |
| 2 | 不同感染来源疟原虫虫株的18S sRNA基因同源性分析显示文摘目的分析云南省不同感染来源疟原虫株的遗传差异。方法采集不同地区疟疾患者的血样,利用巢式PCR扩增疟原虫18SsRNA基因,扩增产物进行双向测序分析,以分子进化树描述18SsRNA基因序列的同源程度。结果对2012年8月~2013年8月期间诊断为云南当地感染的全部疟疾患者22例及感染地为缅甸、非洲、老挝的13例疟疾患者血样进行18SsRNA基因巢式PCR扩增,8份检出恶性疟原虫目的基因片段(205bp)、35份检出间日疟原虫目标片段(120bp)。对43份PCR扩增阳性产物进行测序分析,其中8株恶性疟原虫的18SsRNA基因进化树显示属云南本地感染的虫株与非洲虫株分布在不同亚支,但均与鸡疟原虫(Plasmodium gallinaceum)(Accession:M61723)遗传进化关系较近;35株间日疟原虫的18SsRNA基因进化树显示所有虫株均集中在一个进化分支内,与食蟹猴疟原虫(P.cynomolgi)(Accession:L07559)遗传关系较近,89%的云南本地感染虫株与南美两个虫株(Accession:X13926、U03079)同在一个进化亚支。结论恶性疟原虫不同地理株的18SsRNA基因序列差异性较间日疟原虫株间的差异性更明显。 | 朱垚吉 邓艳 毛祥华 王剑 陈梦妮 董莹 | 2014 | 中国病原生物学杂志2014，9，4： | 10 |
| 3 | 信号分子调控细菌生物被膜形成的分子机制显示文摘细菌生物被膜(Bacterial biofilm,BF)是黏附于机体黏膜或生物材料表面、由细菌及其分泌的多聚糖、蛋白质和核酸等组成的被膜状生物群体,是造成持续性感染的重要原因之一。细菌在生长繁殖时会产生一些次级代谢产物,部分会作为生物信号分子在细胞内或细胞间传递信息,使细菌在多细胞水平协调统一相互配合,以完成一些重要的生理学功能,如生物发光、BF的形成、运动与固定态生活方式的转换等。信号分子在BF形成过程中起着重要的调控作用。文中从密度感应系统(Quorum-sensing systems,QS)、环二鸟苷酸(Cyclic diguanylate,c-di-GMP)、双组分系统(Two-component systems,TCS)和sRNA等方面介绍影响BF形成的相关信号分子,重点对BF形成过程中的信号分子调控机制进行概述,这对于深入揭示信号分子调控BF形成的机制十分必要。 | 涂春田 汪洋 易力 王瑜欣 刘宝宝 宫胜龙 | 2019 | 生物工程学报2019，35，4： | 10 |
| 4 | 基于RNA-Seq的羊种布鲁氏菌新转录本与非编码RNA鉴定显示文摘目的对羊种布鲁氏菌的转录本进行测序,鉴定基因组中新的转录本和非编码RNA。方法提取羊布鲁氏菌的总RNA,去除rRNA后连接接头逆转录成cDNA,PCR扩增后进行测序,以羊布鲁氏菌16M的基因组序列为参照对测序得到的reads进行比对作图,通过生物信息学方法进行新转录本和非编码RNA的鉴定。结果测序数据分析显示,reads在基因组上覆盖度较好。与现有注释基因相比,有773个基因的5′或3′端在基因组的原有位置基础上发生了延伸,并发现了16个新的转录本。根据测序结果,共鉴定出241条候选的非编码RNA(sRNA),进一步的RT-PCR验证结果显示,预测的sRNA在体外条件下有表达。结论布鲁氏菌基因组中存在除了预测以外的新的转录本,布鲁氏菌中存在非编码RNA且在不同条件下有差异表达。 | 郭英飞 王玉飞 龚春丽 杨明娟 袁久云 庄妤冰 柯跃华 杜昕颖 汪舟佳 陈泽良 | 2015 | 中国人兽共患病学报2015，31，3： | 8 |
| 5 | 肠炎沙门氏菌sRNA伴侣蛋白Hfq表达与纯化显示文摘利用pET原核表达系统和亲和层析表达纯化肠炎沙门氏菌sRNA伴侣蛋白Hfq。首先构建含靶基因hfq的重组表达质粒pET28a(+)-hfq,经PCR及双酶切鉴定构建正确,再将重组质粒转化大肠杆菌BL21(DE3),IPTG诱导目的基因高效表达。SDS-PAGE及Western blot结果表明:Hfq在大肠杆菌中成功表达,蛋白分子质量约为16.6ku,且主要存在于上清中,以可溶形式表达。进一步对表达产物进行Ni 2+亲和层析纯化,获得纯度较高的融合蛋白,为研究Hfq蛋白与sRNA的相互作用以及sRNA的调控机制提供基础。 | 孟宪臣 孟霞 聂佳佳 厚华艳 王勇祥 朱国强 | 2013 | 扬州大学学报(农业与生命科学版)2013，34，2： | 8 |
| 6 | 细菌sRNA基因及其靶标预测研究进展显示文摘细菌sRNA是一类长度在40-500 nt之间的非编码RNA,主要以不完全碱基配对方式与靶标mRNA5′端相互作用进而发挥其生物学功能。鉴于预测方法可以为细菌sRNA及其靶标的实验发现提供指导,因此,细菌sRNA与靶标预测研究受到了广泛重视。文章首先将sRNA预测方法分为3类,分别是基于比较基因组学的预测方法、基于转录单元的预测方法和基于机器学习的预测方法;其次,将sRNA靶标预测方法分为2类,分别是序列比较方法与基于RNA二级结构的预测方法;最后对各类方法的原理、核心思想、优点和局限性进行了分析,并探讨了进一步的发展方向。 | 王立贵 赵雅琳 李伍举 | 2009 | 微生物学报2009，49，1： | 7 |
| 7 | 非编码小RNA(sraB)调控肠炎型沙门菌的抗蛋清抑菌作用显示文摘【目的】肠炎型沙门菌是一种食源性人畜共患病病原菌,可在禽蛋中存活并传播。sRNA为新近发现的基因表达调控分子,本实验以sRNA(sraB)为对象,探索sRNA与肠炎型沙门菌在禽蛋中存活的相关性,及研究其在细菌抵抗蛋清抑菌作用中的调控功能。【方法】参考已报道的沙门菌全基因组及sraB序列,设计并扩增sraB突变用基因片段,运用Red重组系统(red recombination system)对肠炎沙门菌野生株(SE2472)sraB基因进行定点敲除,构建出sraB敲除株(SE2472ΔsraB)。分析比较sraB敲除对沙门菌在蛋清中存活的影响;另构建表达sraB的回复表达质粒pHDB3-sraB,将其转入sraB敲除株构建回复株SE2472ΔsraB-comp,以回复表达sraB,分析sraB表达对沙门菌敲除株的回复作用;并分别以野生株、敲除株及回复株研究sraB在抵抗蛋清中几种抑菌因子(如溶菌酶和卵转铁蛋白)作用中可能的调控作用。【结果】敲除株在蛋清中存活率为野生型的61%-70%,回复株相比野生型的存活率比敲除株提高10%-33%;在转铁蛋白抑菌实验中,孵育8h和24h,敲除株的存活率分别为野生型存活率的38%和23%,孵育8h回复株相比野生型的存活率比敲除株提高15%,但孵育24h回复株的存活率未见提高;在溶菌酶抑菌实验中,孵育8h和24h后,敲除株存活率分别为野生型的41%和27%,回复株相比野生型的存活率分别比敲除株提高35%和23%。【结论】通过比较sraB敲除与否,研究肠炎型沙门菌在禽蛋中的存活及对抑菌因子的抵抗作用,结果表明sraB在肠炎沙门菌抵抗蛋清抑菌作用中起着重要调控功能。 | 蒋惠源 曹鸣辉 曹学松 顾宏伟 曾科 | 2010 | 微生物学报2010，50，11： | 7 |
| 8 | 细菌菌膜的成分、调控及其与植物的关系显示文摘菌膜是细菌群落发展的一种高度组织化的群体状态。在菌膜形成过程中,细菌胞外物质EPS(Exopolysaccharides)、eDNA(Extracellular DNA)、胞外蛋白等都参与菌膜的形成,它们为菌膜提供机械稳定性,帮助细菌粘附到物体表面,促进菌膜中不同细菌间物质的循环及基因的水平转移。菌膜形成涉及到群体感应、C-di-GMP(Cyclic diguanylate monophosphate)和sRNA等一系列调控机制。土壤环境中栖息着大量的微生物,许多土壤微生物定殖于植物根际,从而与植物发生着密切的相互作用;菌膜的形成是细菌稳定定殖于植物根际的关键因素,有助于植物促生菌或致病菌在根际更好的生存。本文就菌膜的成分、调控及其与植物的关系等三个方面的内容进行综述。 | 李昱龙 陆一鸣 韩正敏 樊奔 | 2017 | 微生物学通报2017，44，6： | 6 |
| 9 | 华癸中慢生根瘤菌7653R SraG sRNA的共生固氮功能 | 李振鹏 马春草 谢福莉 陈大松 李友国 | 2016 | 华中农业大学学报2016，35，5： | 6 |
| 10 | Trans-kingdom RNAs and their fates in recipient cells: advances, utilization, and perspectives显示文摘The phenomenon and potential mechanisms of trans-kingdom RNA silencing(or RNA interference,RNAi)are among the most exciting topics in science today.Based on trans-kingdom RNAi,host-induced gene silencing(HIGS)has been widely applied to create crops with resistance to various pests and pathogens,overcoming the limitations of resistant cultivars.However,a lack of transformation technology in many crops limits the application of HIGS.Here,we describe the various fates of trans-kingdom RNAs in recipient organisms.Based on the assumption that small RNAs can be transferred between the host and its microbiome or among microbiome members,we propose a possible alternative strategy for plant protection against pathogens without the need for crop genetic modification. | Jian-Hua Zhao Tao Zhang Qing-Yan Liu Hui-Shan Guo | 2021 | Plant Communications2021，2，2： | 6 |
| 11 | 侵染花生的辣椒褪绿病毒S RNA全序列分析显示文摘番茄斑萎病毒属(Tospovirus)是布尼亚病毒科(Bunyaviridae)植物病毒组成的一个属,病毒粒子为球状,直径80~110nm,粒体外层由一层脂质包裹。基因组属于负单链RNA,由三个片段组成,分别被称为LRNA、MRNA、和SRNA。LRNA为负链、含单个开放阅读框架(ORF),MRNA和SRNA均为双义RNA,有2个ORF,反向相连。SRNA大小约3kb,编码分子量为54kDa的非结构蛋白(NSs)和分子量为29kDa的核衣壳蛋白(N)。目前该属已正式定名的病毒有16种,分布在世界各地。Chen等根据病毒N基因氨基酸序列同源性,将16种病毒划分为TSwV、WSMoV、IYSV3个主要血清组和INSV、PYSV、PCFV、MYSV单一病毒构成的4个血清型。其中,属于WSMoV血清组的有西瓜银色斑驳病毒(Watermelon silver mottle virus,WSMoV)、花生芽坏死病毒(Peanut bud necrosis virus,PBNV)、辣椒褪绿病毒(Capsicum chlorosis virus,CaCV)、西瓜芽坏死病毒(Watermelon bud necrosis virus,WBNV)和兰花褪绿斑病毒(Calla lily chlorotic spotvirus,CCSV). | 陈坤荣 许泽永 晏立英 王国平 | 2006 | 中国病毒学2006，21，5： | 5 |
| 12 | 细菌Hfq蛋白的结构、功能及作用机制显示文摘非编码小RNA(small RNA,sRNA)是细菌基因转录后调控的一个重要层次,也是近十年来原核生物研究领域的焦点之一。大多数sRNA的作用与Hfq蛋白密切相关,即Hfq可以促进sRNA与其靶标mRNA的互补配对,进而影响翻译的进行或者mRNA的稳定性。笔者对Hfq的结构、Hfq参与sRNA调节作用的机制、Hfq在多种细菌中的功能表型进行了综述。Hfq是一个保守的蛋白质,在很多细菌中广泛存在,并与真核生物中参与mRNA剪切与降解活动的Sm蛋白同源。在结构上,Hfq具有两个非等同的RNA结合面,可以结合并介导多个RNA分子的相互作用,其结构体现了和功能的高度统一性。目前,对Hfq的研究主要集中于革兰氏阴性细菌中,在革兰氏阳性细菌中,Hfq的功能尚不明晰;此外,在许多重要的细菌中,Hfq影响功能表型的具体机制也不清楚。因此,今后有必要进一步精细研究Hfq的分子结构特征和功能特点,深入分析Hfq对细菌表型多样化的影响机制,探究Hfq影响靶标分子和功能表型的详尽机制。 | 樊奔 陈晟 李昱龙 | 2016 | 南京林业大学学报(自然科学版)2016，40，5： | 5 |
| 13 | 基于转录组学技术分析细菌耐药机制的研究进展显示文摘近年来抗菌药物的广泛使用,导致细菌耐药性问题日益严重,耐药菌所致的感染给人类健康及畜禽生产带来巨大威胁,随着高通量测序技术的迅速发展,细菌转录组学的研究可帮助人们探究细菌耐药前后发生差异表达的基因以及筛选出具有调控作用的非编码RNA。本文以细菌耐药性的产生机制和调控机制为出发点,从转录组水平探讨耐药细菌中外排泵系统、二元调控系统、代谢途径相关基因的差异表达情况和非编码RNA对细菌外排泵系统、细胞膜通透性和生物被膜的调控机制,以期为细菌耐药性研究奠定基础。 | 裘鹏 郭玉茹 张泽辉 范春玲 张德显 崔璨璨 刘明春 | 2019 | 中国家禽2019，0，4： | 5 |
| 14 | 伤寒沙门菌sRNA S2959增强细菌动力和生物膜形成能力显示文摘目的研究伤寒沙门菌小RNA(sRNA) S2959对细菌动力以及生物膜形成能力的影响。方法利用Red重组系统制备伤寒沙门菌sRNA S2959缺陷株(△S2959),同时制备sRNA S2959缺陷株的空载体株(△S2959-pBAD)和回补株(△S2959-p S2959)等相关菌株。通过sRNA S2959缺陷株和野生株的生长曲线实验观察sRNA S2959缺失后对细菌生长的影响;通过细菌sRNA S2959缺陷株、空载体株、回补株的泳动能力实验和生物膜实验观察sRNA S2959对细菌动力以及生物膜形成能力的影响;再用定量PCR(q PCR)方法检测细菌鞭毛相关基因在sRNA S2959相关菌株中的表达水平。结果成功制备sRNA S2959缺陷株和回补株; sRNA S2959缺陷株和野生株在LB和TSB液体培养基中的生长曲线无明显差异;与野生株相比,sRNA S2959缺陷株的泳动能力和生物膜形成能力下调(P<0.05),而回补株的泳动能力和生物膜形成能力较缺陷株显著增加(P<0.05); q PCR结果显示,高表达sRNA S2959后,细菌鞭毛相关基因(flh D、fli A和flj B)的mRNA水平分别上调大约4、3和6倍。结论伤寒沙门菌sRNA S2959促进鞭毛的表达,进一步上调伤寒沙门菌动力以及生物膜的形成能力。 | 陆仁飞 孙嘉瑶 黄新祥 | 2018 | 临床检验杂志2018，36，10： | 4 |
| 15 | 沙门菌非编码小RNA调控功能研究进展显示文摘细菌非编码小RNA(sRNA)是原核生物中新发现的基因表达调控因子,可在转录后水平调节基因的表达。沙门菌是sRNA研究的模式菌,研究者利用生物信息学预测技术、全基因组分析技术和高通量RNA测序技术,至少发现70余种沙门菌sRNA。它们通过感应温度,pH值,渗透压或氧分压等环境信号,利用碱基互补方式与靶标mRNA结合,调控靶标mRNA的翻译、降解或稳定性。通常一种sRNA有多个靶基因或靶位点,可调节多种基因的表达,在沙门菌营养物质代谢、外膜蛋白合成、群体感应和毒力表达等诸多生命过程中发挥重要的调控作用。 | 孟霞 王亨 朱国强 | 2011 | 中国兽医学报2011，31，12： | 4 |
| 16 | 两步PCR介导的Red重组技术快速敲除鼠疫耶尔森菌sRNA及染色体大片段显示文摘【目的】利用Red同源重组系统,通过二步PCR法建立一种适合鼠疫耶尔森菌s RNA和大片段染色体基因敲除的方法。【方法】第一步PCR先扩增出目的基因的上、下游同源臂(600–1000 bp)及卡那抗性盒,再以上、下游同源臂及卡那抗性盒等摩尔混合物为模板,通过融合PCR获得含上下游同源臂及卡那抗性盒的线性突变盒,再将此突变盒的PCR产物电转到含有pKD46质粒的鼠疫201菌株,在阿拉伯糖的诱导下,p KD46质粒表达Red重组酶,促使卡那抗性盒替换目的基因,最后对获得的重组克隆进行PCR鉴定。【结果】本研究通过两步PCR法构建600–1000 bp的同源臂,提高了同源重组效率,并将鼠疫菌sRNA RyhB1(108 bp)和RyhB2(106 bp)和染色体大片段47-2(10.4 kb)、47-3(21.6 kb)、47-3a(9.2 kb)及47-3b(6.1 kb)成功敲除。【结论】基于Red重组系统构建的二步法突变技术,是一种简单、高效的精确修饰鼠疫菌s RNA及大片段染色体的方法,适合于鼠疫菌全基因组的基因敲除,为鼠疫菌基因表达与调控、致病和毒力等研究提供有力的工具。 | 王仁霞 刘荣娇 李子微 王瑞欢 杨瑞馥 韩延平 邓仲良 | 2017 | 微生物学报2017，57，7： | 4 |
| 17 | 细菌sRNA伴侣蛋白Hfq的研究进展显示文摘细菌sRNA能调节不同的功能,从结构调节到催化作用,影响生物体中各种各样的加工过程,包括RNA加工,mRNA稳定性,翻译,蛋白质稳定性和蛋白质分泌。小RNA(sRNA)通过多种机制发挥作用,其中许多需要RNA伴侣蛋白Hfq辅助。它们通过与靶RNA结合而参与到不同的RNA反应中。本文对sRNA伴侣蛋白Hfq的作用机制进行了综述。 | 宋兰 周先礼 岳俊杰 梁龙 | 2009 | 军事医学科学院院刊2009，33，2： | 4 |
| 18 | 淋病奈瑟菌WHO-A株头孢曲松耐药相关sRNA筛选显示文摘对淋病奈瑟菌WHO-A株进行转录组测序以获取其非编码RNA(sRNA)的信息,通过梯度剂量诱导淋病奈瑟菌头孢曲松耐药株,生物信息学方法筛选并荧光定量PCR验证以研究头孢曲松耐药调控相关sRNA。结果表明:经诱导WHO-A株产生MIC为1μg·mL-1的耐药变异株,野生型WHO-A株存在1 051条sRNA,其中80条与penA、porB、mtrR等8个耐药相关基因间存在互补关系,检测发现10条表达水平随耐药性增高而降低的sRNA,说明部分sRNA参与淋病奈瑟菌头孢曲松耐药性调控。 | 单彩龙 冯欢欢 李金月 徐向阳 项青青 李端阳 傅夏燕 王佳欣 李国才 | 2018 | 扬州大学学报(农业与生命科学版)2018，39，1： | 4 |
| 19 | 细菌sRNA功能、预测及鉴定方法的研究进展显示文摘生物体中除了mRNA、tRNA、rRNA三种我们熟知的RNA外,还存在大量的非编码RNA(non—coding RNA)。它们隐藏于基因组内的信息层,有学者称之为基因组内“暗物质”,不可见却执行着新层次调控基因表达的功能。 | 赵小凯 竹俊兰 严浩 王慧利 | 2012 | 温州医学院学报2012，42，5： | 3 |
| 20 | 细菌非编码小RNA功能及作用机制研究进展显示文摘生物体中除了编码蛋白质的mRNA外,还存在多种具有重要调控功能的非编码RNA。细菌中长度50~500 nt的非编码RNA通常定义为sRNA。sRNA在细菌的整个生命活动中发挥着极为广泛的作用,在感受环境压力、基因表达、细胞周期乃至个体发育等过程中均具有重要的调控作用。sRNA的功能学和调控机制的研究已成为当今细菌学研究的热点。本研究就细菌中的sRNA的特征,在细菌中的作用和作用机制进行文献综述。 | 李瑞莲 陈杨 | 2014 | 中国微生态学杂志2014，26，11： | 3 |
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