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| 1 | 利用SRAP、SSR和AFLP标记构建甘蓝型油菜遗传连锁图谱显示文摘【目的】建立甘蓝型油菜的高质量遗传图谱,为在分子水平上研究复杂性状打下基础并提供保证。【方法】以甘蓝型油菜自交不亲和系“SI-1300”及其恢复系“Eagle”组配得到的184个F2单株为群体,利用SRAP、SSR和AFLP标记技术构建甘蓝型油菜遗传图谱。【结果】该图谱共包含21个连锁群,涉及137个SRAP标记、143个SSR标记和118个AFLP标记。图谱总长1949.8cM,标记间平均图距为4.9cM。以SSR标记为锚定标记,该图谱与国际标准图谱进行了初步对应。研究共发现了8个偏分离区域。【结论】根据对标记分布的均匀程度,图谱覆盖程度以及标记密度等方面的分析,本研究构建的甘蓝型油菜分子遗传图谱质量较高,并且SRAP标记可能是比AFLP标记更适合于图谱构建的标记体系。 | 李媛媛 沈金雄 王同华 傅廷栋 马朝芝 | 2007 | 中国农业科学2007，40，6： | 88 |
| 2 | 刺梨转录组SSR信息分析及其分子标记开发显示文摘利用MISA软件筛选刺梨(Rosa roxburghii Tratt)转录组测序获得的106 590条Unigene,共检测出21 711个SSR位点,分布于18 155条Unigene中,出现频率为20.37%,平均分布距离为1.68 kb。优势重复基序为三核苷酸、四核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR位点的26.87%、26.77%和24.93%。AG/CT与AAG/CTT分别是二核苷酸与三核苷酸的优势重复基元,分别占总SSR重复类型的17.80%和11.55%。以不同主导重复基元类型设计合成42对SSR引物,并以刺梨及其他蔷薇属种质的基因组DNA为模板对其有效性及通用性进行初步验证,筛选出具有清晰扩增产物的引物23对,并且均在同属材料中通用。选取16份贵州刺梨资源对筛选出的引物进行多态性检测,获得12对具有多态性的引物。以上结果表明,刺梨转录组测序产生的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,获得的大批量SSR标记可为刺梨及其近缘种的遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更加丰富可靠的标记选择。 | 鄢秀芹 鲁敏 安华明 | 2015 | 园艺学报2015，42，2： | 107 |
| 3 | SSRHunter,一个本地化的SSR位点搜索软件的开发显示文摘基因组研究的发展,使得利用生物信息学方法在一个相对狭小的基因组区段内开发新的SSR标记成为可能。要实现这一点,首先面临的任务就是潜在的SSR位点的搜索。已有的方法或多或少存在这样或那样的缺陷。文章介绍了利用Visual Basic语言开发本地化的SSR位点搜索软件的尝试。所编制的SSRHunter软件能够较出色地完成这一任务。此外,SSRHunter还提供了自动序列预处理,常规的序列整理和序列变换功能以及方便的结果输出方式。 | 李强 万建民 | 2005 | 遗传2005，27，5： | 89 |
| 4 | 中国栽培和野生大豆农艺品质性状与SSR标记的关联分析 I.群体结构及关联标记显示文摘关联作图是一种利用连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)检测自然群体中基因位点及其等位变异的方法。利用60个SSR标记,对全国大豆地方品种群体(393份代表性材料)和野生大豆群体(196份代表性材料)的基因组变异进行扫描,分析两类群体的连锁不平衡位点、群体结构,并采用TASSEL软件的GLM(general linear model)方法对16个农艺、品质性状观测值进行标记与性状的关联分析。结果表明:(1)在公共图谱上不论共线性的或是非共线性的SSR位点组合都有一定程度的LD,说明历史上发生过连锁群间的重组;栽培群体的连锁不平衡成对位点数较野生群体多,但野生群体位点间连锁不平衡程度高,随距离的衰减慢。(2)群体SSR数据遗传结构分析发现,栽培群体和野生群体分别由9和4个亚群体组成,亚群的划分与群体地理生态类型相关联,证实地理生态类型划分有其遗传基础。(3)栽培群体中累计有27个位点与性状相关;野生大豆种质中累计有34个位点与性状相关。部分标记在两类群体中都表现与同一性状关联,检出的位点有一致性,也有互补性;一些标记同时与2个或多个性状相关联,可能是性状相关乃至一因多效的遗传基础;关联位点中累计有24位点(次)与遗传群体连锁分析定位的QTL一致。 | 文自翔 赵团结 郑永战 刘顺湖 王春娥 王芳 盖钧镒 | 2008 | 作物学报2008，34，7： | 99 |
| 5 | SSR分子标记在作物遗传育种中的应用显示文摘SSR(simple sequence repeat)是建立在PCR技术上的一种广泛应用的分子标记,具有含量丰富、多态性高、共显性等优点。本文简要介绍了SSR分子标记技术的原理和特点,重点介绍了SSR分子标记技术在作物遗传育种中的应用,主要在作物遗传多样性、基因定位、分子辅助标记、遗传图谱构建、品种鉴定和纯度鉴定等方面进行阐述。 | 罗冉 吴委林 张旸 李玉花 | 2010 | 基因组学与应用生物学2010，29，1： | 144 |
| 6 | 中国棉花主栽品种DNA指纹图谱构建及SSR标记遗传多样性分析显示文摘【目的】采用SSR标记构建2008年中国3大棉区8个棉花主产省份32份棉花主栽品种的DNA指纹图谱并进行遗传多样性分析。【方法】从214对候选引物中筛选出36对多态性高、稳定性好且在染色体上分布均匀的引物作为核心引物,构建棉花主栽品种DNA指纹图谱。【结果】36对SSR引物在32份材料中共扩增出142种多态性基因型,每对引物的基因型从2—11种不等,平均每对引物扩增出3.94种基因型。9对引物在10个品种上具有特征带型。最少采用5对引物进行组合鉴定即可将32个棉花品种完全区分开。NTSYS-pc V 2.10软件分析表明,长江流域棉区品种间遗传差异最大,新疆棉区次之,黄河流域棉区最小。常规品种的遗传基础窄于杂交陆地棉。【结论】核心引物组合法相比特征谱带法更适用于构建中国棉花主栽品种DNA指纹图谱,品种间的亲缘关系与地理来源有一定的相关性。 | 匡猛 杨伟华 许红霞 王延琴 周大云 冯新爱 | 2011 | 中国农业科学2011，44，1： | 126 |
| 7 | 中国桃主要品种资源及其野生近缘种的分子身份证构建显示文摘【目的】以国家果树种质郑州葡萄、桃圃保存的237份中国桃地方品种、育成品种及其野生近缘种为试材,进行种质分子身份证构建工作,并对构建方法进行探讨。【方法】采用筛选后的SSR标记对品种进行区分,然后根据引物对不同品种扩增条带分子量的大小进行编码、组合。【结果】从80对引物中筛选出来自桃8条染色体上的16对SSR引物,在供试种质间共检测出等位基因203个,每对引物平均检测到等位基因数为12.7个。根据等位基因既位于地方品种、育成品种,又位于近缘野生种的选择方法,筛选出123对等位基因并赋值后可用于构建种质的分子身份证。【结论】在237份种质中有202份具有的可辨分子身份证编码,继续对不同引物组合对种质的筛选效率进行分析,筛选出8对核心引物使176份种质具有可辨的分子身份证,平均每对引物区分种质达22.1份,即在保证每对引物区分效率较高的基础上,兼顾了总的区分数量。最后,为使区分品种简便化,依据引物的多样性指数先后选择引物组合,达到用最少的引物组合区分不同品种的目的。 | 陈昌文 曹珂 王力荣 朱更瑞 方伟超 | 2011 | 中国农业科学2011，44，10： | 89 |
| 8 | 大麦SSR标记遗传多样性及其与农艺性状关联分析显示文摘【目的】分析大麦亲本材料的遗传多样性,寻找与部分农艺性状相关联的分子标记,为大麦杂交组合的配置及分子标记辅助育种提供依据。【方法】利用86个SSR标记对113份大麦亲本材料进行多态性扫描,并进行遗传多样性分析。挑选57个标记进行群体遗传结构分析,在此基础上采用Tassel 2.1 GLM(general linearmodel)和MLM(mixed linear model)方法进行标记与农艺性状的关联分析。【结果】86个标记共检测出200个等位变异,变异范围为1—5个;基因频率的变异范围为0.0088—1.0000,Shannon指数变异范围为0.0000—1.2236;遗传相似系数(GS)变异范围在0.5504—0.9897,平均值为0.7477。通过群体遗传结构分析将供试材料分为4个亚群。以GLM分析,发现9个与株高、穗长、芒长、穗粒数和小穗着生密度相关联的标记,各标记对表型变异的解释率在0.0507—0.2766;以MLM分析,发现6个与株高、芒长和小穗着生密度相关的标记,各标记对表型变异的解释率在0.0238—0.1999。【结论】利用SSR标记分析了113份大麦亲本材料的遗传多样性及群体遗传结构,并通过2种关联分析模型,分别寻找到了9个与株高、穗长、芒长、穗粒数相关联,6个与株高、芒长和小穗着生密度相关联的标记,这些标记位于1H、2H、3H、4H和7H染色体。 | 赖勇 王鹏喜 范贵强 司二静 王晋 杨轲 孟亚雄 李葆春 马小乐 尚勋武 王化俊 | 2013 | 中国农业科学2013，46，2： | 92 |
| 9 | 基于杜仲转录组序列的SSR分子标记的开发显示文摘简单重复序列(simple sequence repeat,SSR),又称微卫星,是广泛存在于真核和原核生物基因组中的1~6个核苷酸串联重复单元,研究发现基因组中平均每50kb就有1个SSR(Morgante et al.,1993;Kalia et al.,2011),SSR标记主要包括基因组SSR和表达序列标签SSR(EST-SSR)。 | 黄海燕 杜红岩 乌云塔娜 刘攀峰 | 2013 | 林业科学2013，49，5： | 112 |
| 10 | 利用RFLP和SSR标记划分玉米自交系杂种优势群的研究显示文摘利用 RFL P和 SSR标记对 2 9个玉米自交系进行杂种优势群划分 ,筛选出 56个多态性 RFL P探针酶组合 ,6 6对多态性 SSR引物 ,分别在供试材料中检测到 187个和 2 32个等位基因变异。两种方法比较表明 ,SSR标记的平均多态性信息量 (PIC,0 .54)高于 RFLP(0 .4 2 ) ;但对供试材料的遗传多样性评价基本一致 ,平均遗传相似系数 (GS)分别为 0 .6 4和 0 .6 2。综合 RFL P和 SSR分析结果进行聚类分析 ,将供试材料划分为四平头 ,旅大红骨 ,L SC,BSSS和 PA五个类群 ,划分结果与系谱分析基本一致 ,并把系谱来源不清的种质划分到相应的杂种优势群。其中 PN群的确认 ,进一步完善了我国玉米种质杂种优势群的基本框架 ,为育种实践提供了有价值的信息。 | 袁力行 傅骏骅 张世煌 刘新芝 彭泽斌 李新海 Khairalla M | 2001 | 作物学报2001，27，2： | 133 |
| 11 | 利用SSR标记研究茄子种质资源遗传多样性显示文摘本研究利用105个SSR分子标记分析了50份茄子种质资源遗传多样性。105对SSR引物中筛选出的20对多态性含量较高的引物,在50份茄子品种组成的群体中共检测出91个等位基因,平均每个基因位点检测到4.55个等位基因。PIC的变幅为0.2021~0.7356,平均为0.4012。根据遗传距离并结合UPGMA聚类分析可将50份种质分为10个类群。SSR分子标记与品种资源性状聚类分析基本一致。 | 杨旭 刘飞 张宇 成玉富 薛林宝 陈学好 | 2016 | 基因组学与应用生物学2016，35，12： | 87 |
| 12 | 中国玉米新品种DNA指纹库建立系列研究 Ⅱ.适于玉米自交系和杂交种指纹图谱绘制的SSR核心引物的确定显示文摘本项研究利用60个玉米自交系对初选出的158个SSR引物对进行进一步筛选,综合考虑PIC值大小、扩增带型统计的难易及引物的重复性高低,确定bnlg439、bnlg125、phi053、bnlg197、phi072、bnlg238、phi126、bnlg161、bnlg240、bnlg619共10个引物对作为构建玉米自交系和杂交种指纹库的核心引物;同时提出适用于计算玉米SSR指纹图谱概率的公式:P=1/N,对自交系N=n;对杂交种,N=Cn1+Cn2。n为所用引物的等位基因数。 | 赵久然 王凤格 郭景伦 陈刚 廖琴 孙世贤 陈如明 刘龙洲 | 2003 | 玉米科学2003，11，2： | 123 |
| 13 | 南方红豆杉转录组SSR挖掘及分子标记的研究显示文摘利用Trinity软件对NCBI公共数据库中公布的南方红豆杉(Taxus chinensis var.mairei)根、茎和叶的转录数据进行转录组的重新拼接。通过对13 737 528条序列组装得到96 279条Unigenes(38 Mb),通过SSR检测程序从96 279条Unigenes中得到2 160个SSR位点(2.24%),其平均发生率为1/18.01 kb,基序长度为14~25 bp之间。优势重复基序为六核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的38.56%和37.08%。2 160个SSR位点由703种重复基序构成,其中六核苷酸占60.96%,主要分布在3~4重复;二、三核苷酸占总SSR位点的44.81%,其中以(AG/CT)n、(AT/AT)n、(AAG/CTT)n、(AGC/CTG)n、(AGG/CCT)n和(ATC/ATG)n重复基序最为丰富,合占总SSR重复类型的34.73%,并出现少量的(CG/CG)n和(CCG/CGG)n重复。通过L9(34)正交试验得到最优的SSR-PCR体系,10μL PCR体系中含DNA 20 ng,1×PCR缓冲液,MgCl220 mmol,dNTPs 0.35 mmol,引物0.25μmol,Taq酶0.45 U。随机挑选62对SSR引物进行8个南方红豆杉株系的SSR扩增,有效扩增率为53.23%,多态性比率为38.71%。这些多态性转录组SSR引物的开发为红豆杉遗传多样性的分析、分子标记辅助育种、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供了更丰富的标记。 | 李炎林 杨星星 张家银 黄三文 熊兴耀 | 2014 | 园艺学报2014，41，4： | 86 |
| 14 | 利用SSR、ISSR和RAPD技术构建苜蓿基因组DNA指纹图谱显示文摘在建立可靠的苜蓿基因组DNA提取分离和PCR扩增技术体系的基础上,筛选具有稳定多态性位点的RAPD、SSR和ISSR引物,建立苜蓿基因组DNA的SSR、ISSR和RAPD分子标记技术体系,并利用分子标记检测苜蓿品种(系)的DNA分子标记多态性,构建苜蓿品种的DNA指纹图谱。筛选出36个RAPD引物,8个SSR引物和12个ISSR随机引物,通过PCR扩增在55个国内外苜蓿品种(系)中获得了182个RAPD多态性位点和丰富的SSR和ISSR多态性位点,构建了55个苜蓿品种(系)的SSR、ISSR和RAPD指纹图谱。结果表明,不同苜蓿品种(系)的SSR多态性有较大差异;苜蓿品种ISSR指纹图谱多态性丰富,稳定性比RAPD强;可以通过2~3个引物鉴别我国主要苜蓿品种和引进品种,SSR和ISSR指纹图谱可以更好地用于苜蓿品种鉴定和遗传多样性分析。 | 魏臻武 | 2004 | 草业学报2004，13，3： | 97 |
| 15 | SSR分子标记开发策略及评价显示文摘SSR标记以其多态性丰富、提供遗传信息多、操作便利并在基因组中分散分布等优点已成为最受人们欢迎的分子标记之一,在许多领域广泛应用。但SSR标记的主要缺点是首先要从该物种中获取重复序列两侧的序列信息,并设计引物,而后才能被利用。综述了几种有代表性的SSR标记开发策略,旨在为各物种SSR标记的开发提供参考信息。 | 张增翠 侯喜林 | 2004 | 遗传2004，26，5： | 74 |
| 16 | 披碱草属12个物种遗传多样性的ISSR和SSR比较分析显示文摘为了比较ISSR和SSR标记在披碱草属(ElymusL.)植物研究中的可应用性,用33个ISSR引物和137对小麦SSR引物对该属12个物种进行了分析。筛选出18个ISSR引物和14对小麦SSR引物可用于遗传多样性分析。12个物种的PCR分析表明,18个ISSR引物和14对SSR引物的多态性位点百分率分别为84%和91%,均表现出较高多态性,基于两种标记的种间聚类状况与物种的倍性水平和形态学相似程度存在较高一致性。在12个种间,ISSR的标记指数MI值(10.2)为SSR(4.3)的2.4倍,表明ISSR具有更大的标记效率;但在亲缘关系较近的肥披碱草、圆柱披碱草、麦宾草和披碱草等4个种间,SSR具有更大的标记效率。Mantel检测显示,在12个种间两种标记的遗传相似性显著相关(r=0.856,t=6.446),但在4个近亲缘关系种间相关不显著(r=0.679,t=1.595)。两种标记的标记效率和相关性在不同亲缘关系水平上的改变,说明不同的标记具有不同的多态性检测范围。 | 李永祥 李斯深 李立会 杨欣明 李秀全 | 2005 | 中国农业科学2005，38，8： | 73 |
| 17 | 玉米品种SSR标记毛细管电泳荧光检测法与变性PAGE银染检测法的比较研究显示文摘以192份玉米品种为材料,用7对SSR引物对毛细管电泳荧光检测和常规的变性PAGE银染检测两种SSR标记检测方法进行比较分析。结果表明,两种方法检测的SSR标记片段大小一致。毛细管电泳荧光检测法检测的结果更为精确、灵敏、高效,更适用于高通量材料的检测分析。对少量材料进行检测分析以及SSR标记的筛选时,使用常规的变性PAGE银染检测法更经济适用。 | 易红梅 王凤格 赵久然 王璐 郭景伦 原亚萍 | 2006 | 华北农学报2006，21，5： | 61 |
| 18 | 油菜EST资源的SSR信息分析显示文摘从NCBI公共数据库获得63 334条油菜EST,通过前处理得到全长为12 165.38kb的无冗余EST17 987条。在这些序列中搜索出2 803个SSR,分布于2 443条EST中,出现频率是15.58%。这些EST-SSR的平均长度为18.84bp,平均分布频率是1/4.34kb。二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要的类型,二者出现的频率基本相近,占总SSR的89.05%。AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的84.04%和35.71%,同时对这些SSR的可用性进行了评价。 | 李小白 张明龙 崔海瑞 | 2007 | 中国油料作物学报2007，29，1： | 67 |
| 19 | 大豆核心种质和微核心种质的构建、验证与研究进展显示文摘我国作物种质资源长期库中保存大豆资源2.3万余份,数量居世界之首。然而,大豆资源在新品种培育中的利用率仅为1%左右,导致大豆育成品种的遗传基础趋于狭窄。主要原因是缺少对其重要经济性状的鉴定,尤其是缺少多年多点的评价,难以定向选择有重要价值的育种亲本。为了加速大豆资源的评价并促进其利用,在国家基础研究项目(973)的连续资助下,开展了“大豆核心种质构建(1998-2003)”和“大豆微核心种质基因多样性(2004-2009)”研究,目的是浓缩大豆资源的遗传多样性,强化其表型和基因型鉴定,为发掘和利用大豆资源中的优异基因提供指导。本文在研究构建不同比例(占总体2%-5%)大豆核心种质和大豆微核心种质(占总体1%)的同时,介绍了核心种质补充和完善的研究进展。为了验证核心种质的代表性,从SSR位点、样本组成、取样比例、低频率等位变异4个方面对代表性进行了分析,并用随机抽样方法对核心种质代表性进行了检测和验证。文中还介绍了利用核心种质和微核心种质在新基因发掘、种质创新和育种利用方面的研究进展,尤其介绍了与育种单位密切合作,建立基于核心种质的种质创新与利用体系的研究成效。围绕遗传多样性、核心种质利用方式进行了讨论,指出大豆核心种质为性状鉴定、新基因发掘、新种质创造和新品种培育等理论研究和实际应用提供材料基础,具有潜在的应用前景。实践证明,大豆种质资源的系统研究与利用,将促进我国大豆种质资源由数量保存型向研究应用型转变。 | 邱丽娟 李英慧 关荣霞 刘章雄 王丽侠 常汝镇 | 2009 | 作物学报2009，35，4： | 76 |
| 20 | 微卫星DNA和AFLP标记在水稻分子标记连锁图上的分布显示文摘以一个栽培稻(OryzasativaL.sp.indica)和野生稻(O.rufipogonGrif)杂交的F2作图群体以及由该群体构建的RFLP标记连锁图,分析了微卫星DNA和AFLP标记的多态性、遗传行为及其在染色体上的分布。共定位了28个微卫星DNA标记和172个AFLP标记。28个微卫星DNA标记中有6个为华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室根据数据库中序列而设计,其余22个来自美国Cornel大学已发表的结果。172个AFLP标记出自25对引物扩增得到的228个多态性带的片段。这些标记分布于水稻的12条染色体。将此200个PCR标记与华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室构建的RFLP连锁图整合,得到一张含612个分子标记位点的遗传连锁图。 | 熊立仲 王石平 刘克德 戴先凯 M.A.Saghai Maroof 胡锦国 张启发 | 1998 | Acta Botanica Sinica1998，40，7： | 69 |
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