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| 1 | Using phylogenomics to resolve mega-families: An example from Compositae显示文摘为阐明的下一代的定序和 phylogenomics 抓住伟人诺言在大植物家庭之中的复杂关系。这里,我们执行了在大、多样的被子植物家庭 Compositae (Asteraceae ) 的在 Illumina 站台上的下一代的定序跟随的低拷贝序列的指向的俘获。家庭是 monophyletic 基于形态学和分子的数据,然而,发展史的许多区域有未解决的 polytomies 和解释种系发生的模式是历史上困难的。以便构画出一个方法并且提供一个框架并且为未来在 Compositae 的种系发生的研究,我们从越过关系很好象姐妹家庭 Calyceraceae 的一个成员一样在被建立的家庭定序 23 taxa。我们从 795 产生了原子数据从离开目标俘获的 loci 和装配叶绿体染色体读启用比较原子并且为种系发生的分析的叶绿体染色体。我们也分析了在我们的数据的原子基因在 orthology 察觉期间用一个聚类的方法设置了的多拷贝,并且我们把一条网络途径用于所有相关地点拷贝的这些 clusters—analyzing。用这些数据,我们生产了两个都雇用一个保守人士的种系发生的关系的假设(每指向的地点与一个拷贝限制了为仅仅 loci ) 并且一条 multigene 途径(每指向的地点包括所有拷贝) 。这里介绍的方法和生物信息学工作流为针对象在另外的工厂为 phylogenomic 分析提供一个模型一样在 Compositae 理解基因家庭进化的未来工作提供一个稳固的基础大家庭。 | Jennifer R. Mandel Rebecca B. Dikow Vicki A. Funk | 2015 | Journal of Systematics and Evolution2015，53，5： | 11 |
| 2 | Phylogenomics of the hyperdiverse daisy tribes:Anthemideae,Astereae,Calenduleae,Gnaphalieae,and Senecioneae显示文摘Asteraceae account for 10%of all flowering plant species,and 35%-40%of these are in five closely related tribes that total over 10000 species.These tribes include Anthemideae,Astereae,Calenduleae,Gnaphalieae,and Senecioneae,which form one of two enormous clades within Subfamily Asteroideae.We took a phylogenomics approach to resolve evolutionary relationships among these five tribes.We sampled the nuclear and plastid genomes via HybSeq target enrichment and genome skimming,and recovered 74 plastid genes and nearly 1000 nuclear loci,known as Conserved Orthologous Sequences.We tested for conflicting support in both data sets and used network analyses to assess patterns of reticulation to explain the early evolutionary history of this lineage,which has experienced whole-genome duplications and rapid radiations.We found concordance and conflicting support in both data sets and documented four ancient hybridization events.Due to the timing of the early radiation of this five-tribe lineage,shortly before the Eocene-Oligocene extinction event(34 MYA),early lineages were likely lost,obscuring some details of their early evolutionary history. | Linda E.Watson Carolina M.Siniscalchi Jennifer Mandel | 2020 | Journal of Systematics and Evolution2020，58，6： | 5 |
| 3 | The Compositae Tree of Life in the age of phylogenomics显示文摘包括超过 25000 种类,葵花家庭(Compositae 或 Asteraceae ) 是 flowering 植物的最大的家庭。许多它的系经历了最近、快速的放射,和家庭有大规模基因复制和 polyploidy 的深、普遍的历史。许多由于对发展史的主要节点的支持的差的分辨率和缺乏关于家庭差异的最重要的进化问题仍然保持未答复。我们的组用包括定序 1000 低拷贝的数字的 Hyb-Seq 采用了一条 phylogenomics 途径原子标记,为大量种类的正部分 plastomes。这里,我们讨论我们的进步标明日期并且介绍包括九个亚科和 25 个部落用的二发展史并置并且基于结合的分析。我们为合并高质量的参考染色体和 transcriptomes 在 Compositae 推进系统、进化的研究讨论未来计划。当我们向为采用 phylogenomics 并且在 Compositae 以内解决关系开发工具做了大迈进时,许多工作留下。最近形成的全球合伙将工作 megafamily 为这解决未答复的进化问题。 | Jennifer R. Mandel Michael S. Barker Randall J. Bayer Rebecca B. Dikow Tian-Gang Gao Katy E. Jones Sterling Keeley Norbert Kilian Hong Ma Carolina M. Siniscalchi Alfonso Susanna Ramhari Thapa Linda Watson Vicki A. Funk | 2017 | Journal of Systematics and Evolution2017，55，4： | 4 |
| 4 | The Transcription Factors L-Sox5 and Sox6 Are Essential for Cartilage Formation显示文摘 | Patrick Smits Ping Li Jennifer Mandel Zhaoping Zhang Jian Ming Deng Richard R Behringer Benoit de Crombrugghe Véronique Lefebvre | 2001 | Developmental Cell2001，，2： | 1 |
| 5 | Mobility matters: women’s livelihood strategies in Porto Novo, Benin显示文摘 | Jennifer L. Mandel | 2004 | Gender Place & Culture2004，，2： | 1 |
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